Index

_

__check_params__() (pysimm.cassandra.MCSimulation method) __check_tags__() (in module pysimm.apps.random_walk) __detect_rings__() (in module pysimm.forcefield.charmm) __fit_atoms__() (pysimm.cassandra.McSystem method) __getattr__() (pysimm.system.System method) (pysimm.utils.Container method) (pysimm.utils.Item method) __getitem__() (pysimm.utils.ItemContainer method) __iter__() (pysimm.utils.ItemContainer method) __len__() (pysimm.utils.ItemContainer method) __parse_add_file__() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) __parse_charmm__() (in module pysimm.forcefield) (in module pysimm.forcefield.charmm) __parse_value__() (pysimm.cassandra.Cassandra method)

__rsub__() (pysimm.system.Particle method) __sub__() (pysimm.system.Particle method) __to_tags__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __version__ (in module pysimm) __write_angle_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_atom_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_bond_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_chk__() (pysimm.cassandra.MCSimulation method) __write_dihedral_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_empty__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_fragment_connectivity__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_fragment_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_improper_info__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) __write_intra_scaling__() (pysimm.cassandra.McfWriter method) _read() (pysimm.lmps.LogFile method)

A

a (pysimm.system.Angle attribute) (pysimm.system.Bond attribute) (pysimm.system.Dihedral attribute) (pysimm.system.Improper attribute) add() (pysimm.lmps.Simulation method) (pysimm.system.System method) (pysimm.utils.ItemContainer method) add_angle() (pysimm.system.System method) add_bond() (pysimm.system.System method) add_custom() (pysimm.lmps.Simulation method) add_dihedral() (pysimm.system.System method) add_gcmc() (pysimm.cassandra.Cassandra method) add_improper() (pysimm.system.System method) add_md() (pysimm.lmps.Simulation method) add_min() (pysimm.lmps.Simulation method) add_npt_mc() (pysimm.cassandra.Cassandra method) add_nvt() (pysimm.cassandra.Cassandra method) add_particle() (pysimm.system.System method) add_particle_bonded_to() (pysimm.system.System method) add_particle_bonding() (pysimm.system.System method) add_qeq() (pysimm.lmps.Simulation method) add_simulation() (pysimm.cassandra.Cassandra method) Angle (class in pysimm.system) angle() (in module pysimm.calc) (pysimm.system.Angle method) angle_style (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.lmps.Init attribute) angle_types (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.system.System attribute) angles (pysimm.system.System attribute) AngleType (class in pysimm.system) ANTECHAMBER_EXEC (in module pysimm.amber) apply_charges() (pysimm.system.System method) apply_forcefield() (pysimm.system.System method) assign_atypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method) assign_btypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)

assign_charges() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method) assign_dtypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method) assign_extra_ljtypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) assign_itypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method) assign_ptypes() (pysimm.forcefield.Charmm method) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm method) (pysimm.forcefield.Dreiding method) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method) (pysimm.forcefield.Gaff method) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff method) (pysimm.forcefield.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method) (pysimm.forcefield.Pcff method) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff method) (pysimm.forcefield.Tip3p method) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method) atom_style (pysimm.lmps.Init attribute)

B

b (pysimm.system.Angle attribute) (pysimm.system.Bond attribute) (pysimm.system.Dihedral attribute) (pysimm.system.Improper attribute) boltzmann_kcal (in module pysimm.apps.poreblazer) Bond (class in pysimm.system) bond_style (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.lmps.Init attribute)

bond_types (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.system.System attribute) bonds (pysimm.system.System attribute) BondType (class in pysimm.system) buckingham() (in module pysimm.calc)

C

c (pysimm.system.Angle attribute) (pysimm.system.Dihedral attribute) (pysimm.system.Improper attribute) calc_charges() (in module pysimm.amber) call (in module pysimm.system) call_lammps() (in module pysimm.lmps) Cassandra (class in pysimm.cassandra) CASSANDRA_EXEC (in module pysimm.cassandra) center() (pysimm.system.System method) center_at_origin() (pysimm.system.System method) center_system() (pysimm.system.System method) charge (pysimm.lmps.Init attribute) (pysimm.system.Particle attribute) Charmm (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.charmm) check() (pysimm.system.Dimension method) (pysimm.system.Particle method) check_cs_exec() (in module pysimm.cassandra) check_forcefield() (pysimm.system.System method) check_items() (pysimm.system.System method) check_lmps_attr() (in module pysimm.lmps) check_lmps_exec() (in module pysimm.lmps)

check_tacticity() (in module pysimm.apps.random_walk) chem_pot (pysimm.cassandra.McSystem attribute) chiral_angle() (in module pysimm.calc) class2_angle() (in module pysimm.calc) class2_bond() (in module pysimm.calc) class2_dihedral() (in module pysimm.calc) cleanup_antechamber() (in module pysimm.amber) compare() (in module pysimm.system) (in module pysimm.utils) consolidate_types() (pysimm.system.System method) constrained_opt() (in module pysimm.apps.random_walk) Container (class in pysimm.utils) coords() (pysimm.system.Particle method) copolymer() (in module pysimm.apps.random_walk) copy() (pysimm.system.System method) (pysimm.utils.Item method) CreateBox (class in pysimm.lmps) custom (pysimm.lmps.Simulation attribute) custom_input (pysimm.lmps.CustomInput attribute) CustomInput (class in pysimm.lmps) cutoff (pysimm.lmps.Init attribute) (pysimm.lmps.Qeq attribute) cvff_improper() (in module pysimm.calc)

D

d (pysimm.system.Dihedral attribute) (pysimm.system.DihedralType attribute) (pysimm.system.Improper attribute) data (pysimm.lmps.LogFile attribute) DATA_PATH (in module pysimm.cassandra) debug (in module pysimm) (pysimm.lmps.Simulation attribute) debug_print (in module pysimm) DEFAULT_PARAMS (in module pysimm.cassandra) define_plane() (in module pysimm.apps.random_walk) delete_bonding() (pysimm.system.Particle method) Dihedral (class in pysimm.system) dihedral() (in module pysimm.calc) dihedral_style (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.lmps.Init attribute) dihedral_types (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.system.System attribute)

dihedrals (pysimm.system.System attribute) DihedralType (class in pysimm.system) dim (pysimm.system.System attribute) Dimension (class in pysimm.system) displ_next_unit_default() (in module pysimm.apps.random_walk) distance() (in module pysimm.calc) (pysimm.system.Bond method) (pysimm.system.System method) distance_to_origin() (in module pysimm.system) dmax (pysimm.lmps.Minimization attribute) Dreiding (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.dreiding) dump (pysimm.lmps.OutputSettings attribute) dx (pysimm.system.Dimension attribute) dx() (pysimm.system.Dimension property) dy (pysimm.system.Dimension attribute) dy() (pysimm.system.Dimension property) dz (pysimm.system.Dimension attribute) dz() (pysimm.system.Dimension property)

E

elem (pysimm.system.ParticleType attribute) element_names_by_mass (in module pysimm.forcefield.forcefield) (in module pysimm.forcefield.gasteiger) empty_line (pysimm.cassandra.McfWriter attribute) energy() (in module pysimm.lmps) enqueue_output() (in module pysimm.lmps) ensemble (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute)

epsilon (pysimm.system.ParticleType attribute) equil() (in module pysimm.apps.equilibrate) error (in module pysimm) error_print (in module pysimm) etol (pysimm.lmps.Minimization attribute) extra_keywords (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute)

F

ff_class (pysimm.forcefield.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.Tip3p attribute) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute) ff_name (pysimm.forcefield.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.Tip3p attribute) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)

FF_SETTINGS (in module pysimm.lmps) file_ref (pysimm.cassandra.McfWriter attribute) find_last_backbone_vector() (in module pysimm.apps.random_walk) find_last_tail_vector() (in module pysimm.apps.random_walk) find_rotation() (in module pysimm.calc) fname (pysimm.lmps.LogFile attribute) Forcefield (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.forcefield) forcefield (pysimm.lmps.Init attribute) (pysimm.lmps.Simulation attribute) form() (pysimm.system.AngleType method) (pysimm.system.BondType method) (pysimm.system.DihedralType method) (pysimm.system.ImproperType method) (pysimm.system.ParticleType method) fourier_dihedral() (in module pysimm.calc) frac_free_volume() (in module pysimm.calc) from_json() (pysimm.forcefield.Forcefield method) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method) from_xml() (pysimm.forcefield.Forcefield method) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method) ftol (pysimm.lmps.Minimization attribute)

G

Gaff (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.gaff) Gaff2 (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.gaff2) gasteiger_parameters (in module pysimm.forcefield.gasteiger) GCMC (class in pysimm.cassandra) get() (pysimm.utils.ItemContainer method) get_forcefield_types() (in module pysimm.amber) get_other_particle() (pysimm.system.Bond method) get_prp() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)

get_types() (in module pysimm.system) Group (class in pysimm.lmps) group (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.Velocity attribute) group_by_id() (pysimm.cassandra.MCSimulation method) guess_style() (pysimm.system.AngleType class method) (pysimm.system.BondType class method) (pysimm.system.DihedralType class method) (pysimm.system.ImproperType class method) (pysimm.system.ParticleType class method)

H

harmonic_angle() (in module pysimm.calc) harmonic_bond() (in module pysimm.calc)

harmonic_dihedral() (in module pysimm.calc) harmonic_improper() (in module pysimm.calc)

I

Improper (class in pysimm.system) improper_style (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.lmps.Init attribute) improper_types (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.system.System attribute) impropers (pysimm.system.System attribute)

ImproperType (class in pysimm.system) Init (class in pysimm.lmps) init_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute) InpProbSpec (class in pysimm.cassandra) InpSpec (class in pysimm.cassandra) input() (pysimm.lmps.Simulation property) intersection() (in module pysimm.calc) Item (class in pysimm.utils) ItemContainer (class in pysimm.utils)

K

k (pysimm.system.AngleType attribute) (pysimm.system.BondType attribute) (pysimm.system.DihedralType attribute) (pysimm.system.ImproperType attribute)

KCALMOL_2_K (in module pysimm.cassandra) kspace_style (pysimm.lmps.Init attribute)

L

LAMMPS_EXEC (in module pysimm.lmps) limit (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) LJ_12_6() (in module pysimm.calc) LJ_9_6() (in module pysimm.calc)

lmps_cycle_npt_md() (in module pysimm.apps.polymatic) lmps_cycle_nvt_md() (in module pysimm.apps.polymatic) lmps_min() (in module pysimm.apps.polymatic) lmps_step_md() (in module pysimm.apps.polymatic) log (pysimm.lmps.Simulation attribute) LogFile (class in pysimm.lmps)

M

make_iterable() (in module pysimm.cassandra) make_linker_types() (pysimm.system.System method) make_new_bonds() (pysimm.system.System method) make_system() (pysimm.cassandra.McSystem method) max_iter (pysimm.lmps.Qeq attribute) maxiter (pysimm.lmps.Minimization attribute) mc_md() (in module pysimm.apps.mc_md) mc_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute) mcf_tags (pysimm.cassandra.McfWriter attribute) McfWriter (class in pysimm.cassandra) MCSimulation (class in pysimm.cassandra) McSystem (class in pysimm.cassandra) min_style (pysimm.lmps.Minimization attribute) Minimization (class in pysimm.lmps) module pysimm pysimm.amber pysimm.apps pysimm.apps.equilibrate pysimm.apps.mc_md pysimm.apps.polymatic pysimm.apps.poreblazer pysimm.apps.random_walk pysimm.apps.zeopp pysimm.calc pysimm.cassandra pysimm.cli pysimm.forcefield pysimm.forcefield.charmm pysimm.forcefield.dreiding pysimm.forcefield.forcefield pysimm.forcefield.gaff pysimm.forcefield.gaff2 pysimm.forcefield.gasteiger pysimm.forcefield.pcff pysimm.forcefield.tip3p pysimm.lmps pysimm.models pysimm.models.monomers pysimm.models.monomers.dreiding pysimm.models.monomers.dreiding.NbTMS_H2_tacticity pysimm.models.monomers.dreiding.pe pysimm.models.monomers.dreiding.pmma pysimm.models.monomers.dreiding.ps pysimm.models.monomers.ff_typers pysimm.models.monomers.ff_typers.pe pysimm.models.monomers.ff_typers.pmma pysimm.models.monomers.ff_typers.ps pysimm.models.monomers.gaff pysimm.models.monomers.gaff.pe pysimm.models.monomers.gaff.pmma pysimm.models.monomers.gaff.ps pysimm.models.monomers.gaff2 pysimm.models.monomers.gaff2.pe pysimm.models.monomers.gaff2.pmma pysimm.models.monomers.gaff2.ps pysimm.models.monomers.topologies pysimm.system pysimm.utils

MolecularDynamics (class in pysimm.lmps) Molecule (class in pysimm.system) molecules (pysimm.system.System attribute) monomer() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.NbTMS_H2_tacticity) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.pe) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.pmma) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.ps) (in module pysimm.models.monomers.gaff.pe) (in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma) (in module pysimm.models.monomers.gaff.ps) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps)

N

n (pysimm.lmps.CreateBox attribute) (pysimm.system.DihedralType attribute) name (pysimm.lmps.Group attribute) (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.Region attribute) (pysimm.lmps.Simulation attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) (pysimm.system.AngleType attribute) (pysimm.system.BondType attribute) (pysimm.system.DihedralType attribute) (pysimm.system.ImproperType attribute) (pysimm.system.ParticleType attribute)

nb_mixing (pysimm.forcefield.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute) network() (in module pysimm.apps.zeopp) np (in module pysimm.calc) (in module pysimm.system) NPT (class in pysimm.cassandra) NVT (class in pysimm.cassandra)

O

objectify() (pysimm.system.System method)

opls_dihedral() (in module pysimm.calc) OutputSettings (class in pysimm.lmps)

P

pack() (in module pysimm.apps.polymatic) pair_modify (pysimm.lmps.Init attribute) pair_style (pysimm.forcefield.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.charmm.Charmm attribute) (pysimm.forcefield.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute) (pysimm.forcefield.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute) (pysimm.forcefield.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute) (pysimm.forcefield.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute) (pysimm.forcefield.Tip3p attribute) (pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute) (pysimm.lmps.Init attribute) parse_lammps() (pysimm.system.AngleType class method) (pysimm.system.BondType class method) (pysimm.system.DihedralType class method) (pysimm.system.ImproperType class method) (pysimm.system.ParticleType class method) parser (in module pysimm.cli) Particle (class in pysimm.system) particle_types (pysimm.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute) (pysimm.system.System attribute) particles (pysimm.system.System attribute) particles_df() (pysimm.system.System method) ParticleType (class in pysimm.system) pbc_distance() (in module pysimm.calc) Pcff (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.pcff) pd (in module pysimm.lmps) (in module pysimm.system) polymatic() (in module pysimm.apps.polymatic) polymer_chain() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.NbTMS_H2_tacticity) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma) (in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.pe) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.pmma) (in module pysimm.models.monomers.ff_typers.ps) (in module pysimm.models.monomers.gaff.pe) (in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma) (in module pysimm.models.monomers.gaff.ps) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma) (in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps) polymer_system() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe) pore() (in module pysimm.apps.poreblazer) pressure (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) print_to_screen (pysimm.lmps.Simulation attribute) psd() (in module pysimm.apps.poreblazer) psd3() (in module pysimm.apps.poreblazer) pysimm module pysimm.amber module pysimm.apps module pysimm.apps.equilibrate module pysimm.apps.mc_md module pysimm.apps.polymatic module pysimm.apps.poreblazer module pysimm.apps.random_walk module pysimm.apps.zeopp module

pysimm.calc module pysimm.cassandra module pysimm.cli module pysimm.forcefield module pysimm.forcefield.charmm module pysimm.forcefield.dreiding module pysimm.forcefield.forcefield module pysimm.forcefield.gaff module pysimm.forcefield.gaff2 module pysimm.forcefield.gasteiger module pysimm.forcefield.pcff module pysimm.forcefield.tip3p module pysimm.lmps module pysimm.models module pysimm.models.monomers module pysimm.models.monomers.dreiding module pysimm.models.monomers.dreiding.NbTMS_H2_tacticity module pysimm.models.monomers.dreiding.pe module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma module pysimm.models.monomers.dreiding.ps module pysimm.models.monomers.ff_typers module pysimm.models.monomers.ff_typers.pe module pysimm.models.monomers.ff_typers.pmma module pysimm.models.monomers.ff_typers.ps module pysimm.models.monomers.gaff module pysimm.models.monomers.gaff.pe module pysimm.models.monomers.gaff.pmma module pysimm.models.monomers.gaff.ps module pysimm.models.monomers.gaff2 module pysimm.models.monomers.gaff2.pe module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma module pysimm.models.monomers.gaff2.ps module pysimm.models.monomers.topologies module pysimm.system module pysimm.utils module PysimmError, [1]

Q

Qeq (class in pysimm.lmps) qeq() (in module pysimm.lmps) qfile (pysimm.lmps.Qeq attribute)

quality() (pysimm.system.System method) quick_md() (in module pysimm.lmps) quick_min() (in module pysimm.lmps)

R

r0 (pysimm.system.BondType attribute) random_walk() (in module pysimm.apps.random_walk) random_walk_tacticity() (in module pysimm.apps.random_walk) rappture (in module pysimm.apps.equilibrate), [1] (in module pysimm.apps.polymatic), [1] read_ac() (in module pysimm.system) read_chemdoodle_json() (in module pysimm.system) read_cml() (in module pysimm.system) read_data (pysimm.lmps.Init attribute) read_input() (pysimm.cassandra.Cassandra method) read_lammps() (in module pysimm.system) read_lammps_dump() (pysimm.system.System method) read_lammpstrj() (pysimm.system.System method) read_mol() (in module pysimm.system) read_mol2() (in module pysimm.system) read_pdb() (in module pysimm.system) read_prepc() (in module pysimm.system) read_pubchem_cid() (in module pysimm.system) read_pubchem_smiles() (in module pysimm.system) read_type_names() (pysimm.system.System method)

read_xyz() (in module pysimm.system) (pysimm.system.System method) read_yaml() (in module pysimm.system) redo_monomer_insertion() (in module pysimm.apps.random_walk) reflect_coords_thru_plane() (in module pysimm.apps.random_walk) Region (class in pysimm.lmps) region (pysimm.lmps.CreateBox attribute) remove() (pysimm.utils.ItemContainer method) remove_linker_types() (pysimm.system.System method) remove_spare_bonding() (pysimm.system.System method) replicate() (in module pysimm.system) rigid (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) rot_mat_about_axis() (in module pysimm.apps.random_walk) rotate() (pysimm.system.System method) rotate_vector() (in module pysimm.calc) run (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) run() (in module pysimm.apps.polymatic) (pysimm.cassandra.Cassandra method) (pysimm.lmps.Simulation method)

S

scale_monomer() (in module pysimm.apps.random_walk) set() (pysimm.utils.Item method) set_atomic_numbers() (pysimm.system.System method) set_box() (pysimm.system.System method) set_charge() (pysimm.system.System method) set_charges() (in module pysimm.forcefield.gasteiger) set_cog() (pysimm.system.System method) set_density() (pysimm.system.System method) set_excluded_particles() (pysimm.system.System method) set_frac_free_volume() (pysimm.system.System method) set_mass() (pysimm.system.System method) set_mm_dist() (pysimm.system.System method) set_references() (pysimm.system.System method) set_velocity() (pysimm.system.System method) set_volume() (pysimm.system.System method)

shift_particles() (pysimm.system.System method) shift_to_origin() (pysimm.system.System method) sigma (pysimm.system.ParticleType attribute) Simulation (class in pysimm.lmps) size() (pysimm.system.Dimension method) special_bonds (pysimm.lmps.Init attribute) sst (pysimm.cassandra.McSystem attribute) SteeredMolecularDynamics (class in pysimm.lmps) style (pysimm.lmps.Group attribute) (pysimm.lmps.Region attribute) (pysimm.lmps.Velocity attribute) supported_forcefields (in module pysimm.cli) surface() (in module pysimm.apps.poreblazer) syst (pysimm.cassandra.McfWriter attribute) System (class in pysimm.system)

T

tacticity() (in module pysimm.calc) temperature (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) templates (in module pysimm.lmps) thermo (pysimm.lmps.OutputSettings attribute) theta0 (pysimm.system.AngleType attribute) timestep (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) Tip3p (class in pysimm.forcefield) (class in pysimm.forcefield.tip3p)

to_string() (pysimm.cassandra.InpProbSpec method) (pysimm.cassandra.InpSpec method) tol (pysimm.lmps.Qeq attribute) translate() (pysimm.system.Dimension method) (pysimm.system.Particle method) type (pysimm.system.Angle attribute) (pysimm.system.Bond attribute) (pysimm.system.Dihedral attribute) (pysimm.system.Improper attribute) (pysimm.system.Particle attribute)

U

umbrella_improper() (in module pysimm.calc) unfix (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics attribute) unite_atoms() (pysimm.system.System method) units (pysimm.lmps.Init attribute) unwrap() (pysimm.system.System method) unwrap_gas() (pysimm.cassandra.Cassandra method)

upd_simulation() (pysimm.cassandra.MCSimulation method) update_ff_types_from_ac() (pysimm.system.System method) update_frag_record() (pysimm.cassandra.McSystem method) update_particle_types_from_forcefield() (pysimm.system.System method) update_props() (pysimm.cassandra.McSystem method) update_tags() (pysimm.system.System method) update_types() (pysimm.system.System method)

V

Velocity (class in pysimm.lmps) verbose (in module pysimm) (in module pysimm.lmps)

verbose_print (in module pysimm) visualize() (pysimm.system.System method) viz() (pysimm.system.System method) void() (in module pysimm.apps.poreblazer)

W

warning (in module pysimm) warning_print (in module pysimm) wrap() (pysimm.system.System method) write (pysimm.lmps.Simulation attribute) write() (pysimm.cassandra.McfWriter method) (pysimm.cassandra.MCSimulation method) (pysimm.lmps.CreateBox method) (pysimm.lmps.CustomInput method) (pysimm.lmps.Group method) (pysimm.lmps.Init method) (pysimm.lmps.Minimization method) (pysimm.lmps.MolecularDynamics method) (pysimm.lmps.OutputSettings method) (pysimm.lmps.Qeq method) (pysimm.lmps.Region method) (pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics method) (pysimm.lmps.Velocity method)

write_chemdoodle_json() (pysimm.system.System method) write_cssr() (pysimm.system.System method) write_input() (pysimm.lmps.Simulation method) write_json() (pysimm.forcefield.Forcefield method) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method) write_lammps() (pysimm.system.AngleType method) (pysimm.system.BondType method) (pysimm.system.DihedralType method) (pysimm.system.ImproperType method) (pysimm.system.ParticleType method) (pysimm.system.System method) write_lammps_mol() (pysimm.system.System method) write_mol() (pysimm.system.System method) write_pdb() (pysimm.system.System method) write_xml() (pysimm.forcefield.Forcefield method) (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method) write_xyz() (pysimm.system.System method) write_yaml() (pysimm.system.System method)

X

x (pysimm.system.Particle attribute) x0 (pysimm.system.ImproperType attribute)

xhi (pysimm.system.Dimension attribute) xlo (pysimm.system.Dimension attribute)

Y

y (pysimm.system.Particle attribute)

yhi (pysimm.system.Dimension attribute) ylo (pysimm.system.Dimension attribute)

Z

z (pysimm.system.Particle attribute) ZEOpp_EXEC (in module pysimm.apps.zeopp) zero_charge() (pysimm.system.System method)

zero_velocity() (pysimm.system.System method) zhi (pysimm.system.Dimension attribute) zlo (pysimm.system.Dimension attribute)